Rekiny pojawiły się w morzach ponad 400 mln lat temu. Skamieniałość jednego z najstarszych przedstawicieli Cladoselache fyleri (na zdjęciu obok) pochodzi z dewońskich łupków okolic Cleveland w stanie Ohio (USA). Intensywny rozwój tej grupy ryb nastąpił w okresie karbońskim, po wymarciu w górnym dewonie ryb pancernych. W późniejszych okresach rozwój ewolucyjny rekinów był umiarkowany, lecz pod koniec mezozoiku nastąpił ponowny wzrost znaczenia tych morskich drapieżników. Prawdziwa eksplozja rozwoju rekinów nastąpiła po wymarciu wielkich gadów ery mezozoicznej, w tym także gadów morskich. Zaczęły pojawiać się gatunki rekinów o coraz większych rozmiarach. Największym drapieżnym rekinem w dziejach Ziemi był Carcharocles megalodon, który żył w miocenie i pliocenie. Największy znaleziony ząb tego gatunku wysokości 18,4 cm, liczący ok. 6 mln lat, został znaleziony w Arequipa, w Peru. Na jego podstawie oszacowano długość ryby na ok. 21 m.